西于爾扎多蒂從未隱瞞自己同性戀的性向，但也從未公開談?wù)摯耸?。當她成為可能接任總理的人選時，許多冰島人才知道她是名雙性戀者。她在2002年與女專欄作家約尼娜·萊茲多蒂結(jié)婚。西于爾扎多蒂爾育有兩子，均來自前一次婚姻。

2012年6月27日，冰島頒布相關(guān)法律，正式承認同性戀婚姻合法。同一天，冰島女總理約翰娜·西于爾扎多蒂與相戀多年的同性伴侶完婚，成為合法夫妻。