因?yàn)榕_(tái)灣有服兵役的制度，吳奇隆是應(yīng)征入伍。

1994年，吳奇隆體專畢業(yè)后，由于運(yùn)動(dòng)傷害造成右肩習(xí)慣性脫臼，兩次兵役申請(qǐng)復(fù)檢都判定為不合格。但其后三年經(jīng)復(fù)檢八次，吳奇隆的兵役問(wèn)題卻一直沒(méi)有結(jié)論。期間吳奇隆因此錯(cuò)失很多日本、韓國(guó)演出機(jī)會(huì)，王家衛(wèi)的重慶森林、墮落天使和瓊瑤的還珠格格等都曾找過(guò)他，卻無(wú)法接下。

1997年，在吳奇隆的兵役體檢快要被判定為不合格時(shí)因輿論的介入造成了逆轉(zhuǎn)。當(dāng)時(shí)的男大學(xué)生們，對(duì)他能拍打戲卻不能當(dāng)兵進(jìn)行質(zhì)疑，要求他必須服兵役。

1997年2月17日，吳奇隆報(bào)到開始服役。2月18日，手臂脫臼被送醫(yī)院急診。7月27日，因陸續(xù)五次嚴(yán)重脫臼，自費(fèi)到榮總醫(yī)院再次開刀手術(shù)，但康復(fù)情況不理想。1998年4月10日，被通知暫時(shí)停役返家等候驗(yàn)退。9月22日，收到通知判定為不合格，退役。

吳奇隆因?yàn)橛壹缬辛?xí)慣性脫臼，本來(lái)體檢被判定為不合格，不用服兵役。但是，吳奇隆因?yàn)橐€債，不得不拍一些武打戲。臺(tái)灣的男大學(xué)生們就不服氣，說(shuō)他為什么能拍武打戲不能服兵役，就聯(lián)合起來(lái)給***寫信，要他服兵役。臺(tái)灣***迫于壓力，就把吳奇隆征進(jìn)去了。結(jié)果進(jìn)去沒(méi)多久，又脫臼了多次，吳奇隆就被告知重新體檢，在家等消息。一等就是差不多一年。期間不能工作，沒(méi)有收入，還把房子賣了才夠家人維持生活。后來(lái)，結(jié)果下來(lái)了，不用再服兵役。