昆明航空于2007年2月25日獲得中國民航局批準(zhǔn)籌建，2009年1月獲得《公共航空運輸企業(yè)經(jīng)營許可證》，主要經(jīng)營航空客貨運輸業(yè)務(wù)，主基地設(shè)在昆明。 昆明航空公司以昆明長水國際機場作為自己的基地機場，主要經(jīng)營范圍是國內(nèi)支線航空客貨運輸業(yè)務(wù)。

2020年10月，被評為全國交通運輸系統(tǒng)抗擊新冠肺炎疫情先進(jìn)集體。