同源重組反應(yīng)嚴(yán)格依賴DNA分子之間的同源性，100%重組的DNA分子之間的重組常見于非姐妹染色體之間的同源重組，稱為Homologous Recombination，而小于100%同源性的DNA分子之間或分子之內(nèi)的重組，則被稱為Hemologus Recombination。后者可被負(fù)責(zé)堿基錯配對的蛋白如原核細(xì)胞內(nèi)的MutS 或真核生物細(xì)胞內(nèi)的MSH2-3等蛋白質(zhì)“編輯”。

同源重組可以雙向交換DNA分子，也可以單向轉(zhuǎn)移DNA分子，后者又被稱為基因轉(zhuǎn)換（Gene Conversion)。由于同源重組嚴(yán)格依賴分子之間的同源性，因此，原核生物的同源重組通常發(fā)生在DNA復(fù)制過程中，而真核生物的同源重組則常見于細(xì)胞周期的S期之后。